クビワオオコウモリにはいくつかの亜種がいます。西表島にいるものはヤエヤマオオコウモリです。2015年は昼にも多くのコウモリを見ることができました。ほかの年には夜にはよく見るのですが、それほど昼には見ませんでした。地域によっては昼にも多く見られる島もあるようです。